El Fideicomiso Ecológico de Panamá (FIDECO) se estableció el 25 de enero de 1995, a través de un Contrato de Fidecomiso suscrito entre: el Gobierno de Panamá, representado por le Ministro de Planificación Política Económica (hoy día Ministerio de Economía y Finanzas "MEF") y por la otra parte, The Nature Conservancy "TNC".

El Contrato de Fideicomiso del FIDECO se ampara en la Ley de Fideicomiso de la República de Panamá (Ley N°1 del 5 de enero de 1984) y de las disposiciones el Convenio Internacional USAID N° 525-0308 del 7 de junio de 1991, y sus enmiendas, suscritos entre los Gobiernos e Panamá y los Estados Unidos de América "Proyecto MARENA"

El Fondo Patrimonial inicial del Fideicomiso fue por la suma de Veinticinco Millones de Dólares de los Estados Unidos de América (US $25,000.000). Los aportes inicales a este Fondo Patrimonial se dieron de la siguiente manera: Ocho Millones de dólareas de los E.E.U.U. (US $8,000,000) donados por la USAID y Dos Millones de dólares de los E.E.U.U. (US $2,000,000) donados por TNC de conformidad, ambas donaciones, al Convenio USAID N° 525-0308, y Quince Millones de dólares de los E.E.U.U. (US $15,000,000) canalizados a través de los reflujos del Convenio de Donación USAID N° 525-0304 (Programa FREN).

La responsabilidad fundamental de la Fundación NATURA como FIDEICOMISARIO del FIDECO, es la administrar un programa de asistencia financiera, en apoyo a la actividades conservancionistas y ambientales contempladas en el Proyecto MARENA, que desarrollarán entidades designadas por el Gobierno de Panamá, principalmente el Instituto Nacional de Recursos Renovables (hoy día Ministerio de Ambiente), y  organizaciones no-gubernamentales (ONGs) calificadas, entidades educativas y asociaciones comunitarias.